長時(shí)間養(yǎng)殖會(huì)使養(yǎng)殖水體底部積累大量的殘余餌料、排泄廢物、動(dòng)植物殘?bào)w以及有害氣體(氨、硫化氫等)，這些物質(zhì)往往導(dǎo)致水質(zhì)敗壞，使水產(chǎn)動(dòng)物受到毒害。研究發(fā)現(xiàn)，養(yǎng)殖水體中的某些有益微生物的代謝具有氧化、氫化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能將上述有機(jī)物質(zhì)分解為二氧化碳、硝酸鹽、硫酸鹽等。這樣既能在不中斷養(yǎng)殖過程中及時(shí)有效地清除有害物質(zhì)、凈化水質(zhì)，又能為單細(xì)胞藻類的繁殖提供營養(yǎng)物質(zhì)，促進(jìn)藻類繁殖。這些藻類的光合作用，又為池內(nèi)養(yǎng)殖動(dòng)物的呼吸、有機(jī)物的分解提供氧氣，從而形成一個(gè)良性的生態(tài)循環(huán)，有利于水產(chǎn)養(yǎng)殖動(dòng)物的生長。同時(shí)由于這些有益微生物的大量繁殖，在池內(nèi)形成優(yōu)勢(shì)種群，可抑制病原微生物的繁殖，減少病害發(fā)生。 

枯草芽孢桿菌能大量消耗水體中的有機(jī)質(zhì)，將其分解為小分子有機(jī)酸、氨基酸及氨，改善水質(zhì)，為單胞藻提供營養(yǎng)，凈化水質(zhì)。沈錦玉(2006)在水體使用枯草芽孢桿菌B115制劑后，對(duì)養(yǎng)殖水體的溶氧和pH無明顯影響，但對(duì)氨氮、亞硝酸鹽和硫化物均有大幅度降低。尹文林(2006)在蟹池和魚池中分別加入枯草芽孢桿菌作為水質(zhì)改良劑發(fā)現(xiàn)，其對(duì)池塘氨氮、亞硝酸鹽氮和硫化物有明顯的降解作用，大降解峰值出現(xiàn)在3-4 d，有效時(shí)間持續(xù)超過7 d。湯寶貴等(2007)研究也表明，枯草芽孢桿菌能明顯凈化水質(zhì)，降低蝦池中的COD、亞硝酸氮和氨氮。試驗(yàn)表明，只有當(dāng)枯草芽孢桿菌B115濃度超過1 000mg/kg時(shí)，可能因?yàn)榫w耗氧及培養(yǎng)基在水體中的氧化作用導(dǎo)致魚缺氧而死。因此，作為水質(zhì)改良劑可視水質(zhì)情況每7 d潑灑全池1次，使用后及時(shí)開增氧機(jī)，以保證達(dá)到好的使用效果。

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